Прошло два года после событий, описанных в Final Fantasy VII. Мир постепенно приходит в нормальное состояние. Казалось бы все хорошо, но не все так просто. По миру распространился синдром Звездный Шрам(Геостигма), которым заразилась большая часть населения планеты. Клауд Страйф, спустя два года, считая, что никому не может помочь, живёт в уединении. Но покой так и не настал. Неизвестно откуда появляется банда из трех людей, во главе которых стоит некто Кададжи. Он находится в поисках некой матери и считает, что то, что ему нужно, находится у Клауда...